要分析这个问题，我们首先需要知道在中国的传统八字理论中，年月日时与五行相对应的关系。我们可以从公历的2025年找出该年的五行属性。随后，通过农历的日期与时间，确定天干地支，再进一步判断五行的强弱与缺失。
根据中国历法及天干地支纪时法的运用，我们得出2025年为甲午年，对应五行中的“木”与“火”。对于农历3月28日早上9点3分这一时刻，根据八字推断法，可以推算出当天的天干地支以及对应的五行属性。接着，我们需要对比各个五行的平衡情况，即金、木、水、火、土五行的比例是否均衡。
在综合了这一时刻的八字之后，我们可以分析出此男孩五行中可能存在的缺失情况。如果出生时火木元素偏旺而金水元素相对不足，那么我们就可以判断金和水可能是该八字五行中较为缺失的元素。这仅仅是基于天干地支和五行属性的综合推断，并非绝对的结论。具体的缺失情况还需根据八字学说的深度理论及具体的计算方法来最终确定。
从另一个角度来看，中国传统文化中还强调五行的平衡和调和，即如果某一五行过于旺盛或过于衰弱，都可能对人的命运产生一定的影响。在分析这个男孩的八字时，我们不仅要考虑五行的缺失情况，还要考虑五行的相生相克关系以及整体平衡性。
对于2025年农历3月28日早上9点3分出生的男孩的八字进行细致的解读后，我们确实能够判断出他的五行中可能有某些元素的缺失。但需要注意的是，这里所说的“缺”并不是绝对地缺乏，而是相对的、可调的和动的状态。八字预测只是一个宏观的角度去揭示一个人生命的部分可能性及五行格局的基本形态。要想了解一个人的详细情况及可能的命局变动，还需要更为专业的咨询与解析。